دانشکده علوم پایه دانشگاه صنعتی جندی شاپور دزفول، فعالیت رسمی خود را در سال 1389  با پذیرش دانشجو در رشته ریاضیات وکاربرد ها  آغاز نمود. سال 1391 در رشته شیمی –شیمی آفت کش ها  و درسال 1392 در رشته فیزیک مهندسی پذیرش دانشجو برای اولین بار صورت گرفت.

در سال 1395با پذیرش دانشجو  در رشته شیمی کاربردی تعداد رشته های  فعال دانشکده علوم پایه در مقطع کارشناسی به عدد چهار رسید . با عملکرد درخور توجه اساتید و کارکنان این دانشکده و پررنگ­تر شدن نقش پژوهش و تحصیلات تکمیلی در سیاست گذاری­های وزارت علوم ، مجوزهای لازم از سوی وزارتخانه جهت تأسیس مقطع کارشناسی ارشد صادر گردید. ، و از سال  1393 دانشجویان در رشته ریاضی محض– جبر  و رشته فیزیک گرایش حالت جامد پذیرفته شدند. بدین ترتیب نیز تعدادگرایش­های کارشناسی ارشد این دانشکده عدد دو می باشد.